Moyahua palabra náhuatl, se compone DE moyotl (mosquito), del ahuatl (encina) que significa: “mosquito en la encina”, pero su significado siempre ha sido: “Manantial de agua turbia”.
Los pobladores naturales de la región de Moyahua, al igual que en las regiones cercanas fueron los Caxcanes o Tochos.
Una de las siete tribus Nahuatlacas que se dirigían hacia Tenochtitlan conquistó a los indígenas Caxcanes o tochos como en los años 559 al 713.
Fray Miguel de Bolonia fundó en Moyahua una capilla y a sus espaldas el Hospital de la Purísima Concepción en el año de 1542.
Para el año de 1791 vivían 347 habitantes naturales de la región en Moyahua.
Fue firmada en 1821 el acta de Independencia de Moyahua, en presencia del Alcalde Don José Vicente Méndez.
En el año de 1928, la brigada de Anacleto Gonzáles Flores de Colotlán y el regimiento de Chema Gutierrez participaron en la toma de Moyahua.
En el año de 1948 fue construida la Presidencia Municipal de Moyahua.