Villanueva fue fundada el 4 de febrero de 1692 con el nombre de Villagutierre del Águila.
Los primeros habitantes lo bautizaron así en honor al presidente de la Real Audiencia de Guadalajara.
Don Alonso de Ceballos Villagutierre, y del alcalde mayor de Juchipila, don Pedro Salazar y Águila.
Poco más tarde se le agregó el nombre del santo patrono del lugar, costumbre muy popular en aquellos años.
Por lo que pasó a ser Villa de San Judas Tadeo de Villa Gutierre del Águila.
Al ser la última villa fundada en el estado, fue conocida también como la “Villa Nueva”, nombre que ostenta hasta la actualidad.
Según la leyenda, a finales del siglo XVII existía una imagen de San Judas Tadeo en la hacienda de la Quemada.
Cerca del río de Santa Cruz que en temporadas pluviales se desbordaba y arrastraba todo a su paso.
Incluso la imagen del santo hasta unos jarales a varios kilómetros de distancia.
Ésto sucedió más de una vez, curiosamente encontrando siempre en el mismo lugar la hermosa escultura.
Algunas personas comenzaron a afirmar haber visto allí mismo a un hombre, de parecido físico a la imagen.
Solicitando la construcción de un templo justo donde hoy se encuentra el actual Templo Parroquial, en torno al cual dio inicio el poblamiento de Villanueva.