Villa de Cos quedo poblada por Indígenas desnudos, nómadas que procedían de la Florida, Valparaíso, tribus muy pobres de Indios Básales.
Toda la extensión territorial de lo que hoy es el municipio en la edad jurasica estaba cubierto por mar y este desapareció sorpresivamente.
Estos Indígenas habitaron chichimequillas, quienes alían a traficar sal a estas tierras.
Este nombre se le dio en honor a José María Cos y Pérez, quien fue el encargado de establecer relaciones, entre el movimiento de independencia en Zacatecas, y Miguel Hidalgo y Costilla.
José María Cos y Pérez, destaca también como divulgador de las ideas de Independencia por medio de sus escritos en la prensa.
El Virrey don Antonio de Mendoza para poner fin a serias desavenencias entre mineros, envió a Zacatecas en 1553 a su sobrino el franciscano fray Jerónimo de Mendoza quien logro reconciliar a los referidos mineros.
Una de las más grandes desavenencias era motivada por la escasez de sal, pues estos Mineros empleaban el sistema de molienda por medio de arrastres de Tahonas movidas por bestias.
En vista de la escasez de sal, los mineros se veían obligados a usar sal tierra, muchas veces de mala calidad que producían espontáneamente algunas lagunas de agua salada.