Saín Alto fue antiguamente un poblado de indios zacatecos chichimecas que empezó a poblarse por el año de 1535-1540.
Saín “Cabeza de pueblo” inmediatamente después del descubrimiento de América y la conquista el cacique del pueblo Alonso Sain, heredero a sus sucesores las tierras y se construyó la primera iglesia y forman una comunidad indígena.
Se llamó San Sebastián con el renombre de Sain, posteriormente se le llamó San Sebastián el Alto y actualmente Sain Alto.
Se funda Sain Alto en 1555, aparece la primera Hacienda metalera para sacar plata por el beneficio de ingenieros de agua de fundición, esta hacienda se llamó San Sebastián de Sain Alto.
Saín Alto siempre fue propiedad particular, así lo señalaron los tribunales de la Real Audiencia de Guadalajara en 1704 y 1805.
En 1824 Sain Alto pertenecía al partido de Sombrerete en la época de la colonia y figura como municipio después de la Independencia de México.
El día 17 de diciembre de 1867 llegó a Sain Alto el presidente Benito Juárez.
Las Compañías Mercurio de Sain Alto y Beneficiadora de Mercurio, S. A. Inician sus actividades de 1934, y alcanzan una producción del 12% de Mercurio a nivel Nacional
En los años 1939 a 1940 las principales zonas mineras fueron el Sáuz, Mineral de Mercurio, Sierra de Chapultepec, Cerro Colorado, y Bonancita.
El honorable ayuntamiento declara oficialmente el escudo de armas en 1998, con fecha del 29 de mayo.