La historia de Pánuco se remonta principalmente a los tiempos de la conquista del territorio mexicano por los españoles.
En los tiempos prehispánicos estas tierras estaban habitadas por los indios zacatecos de las tribus chichimecas.
El 1ro de noviembre de 1548, se descubrió el rico filón de los tajos, hecho de donde se puede asentar su fundación, llevando como nombre completo Real de Minas de Pánuco.
Tanto las minas como las haciendas de beneficio pertenecieron los señores Diego de Ibarra, Baltasar Temiño de Bañuelos y Cristóbal de Oñate fundadores de Zacatecas.
Los fundadores de Pánuco fueron Cristóbal de Oñate, Diego y Francisco de Ibarra.
Gracias a la riqueza y atractivo de sus minas, Pánuco tuvo un desarrollo sobresaliente, ya que sus minas llegaron a ser las más ricas de la Nueva España.
A través del tiempo y hasta principios del siglo XX, Pánuco fue un pueblo que giro alrededor de la minería.
El templo parroquial de Pánuco, fue la cuna de la religión cristiana y de la evangelización, ya que fue la primera parroquia de Zacatecas.
Pánuco se constituyó como municipalidad en el año de 1821, como parte del partido de Zacatecas y declarado municipio libre en el año de 1918.