Huanusco era originalmente un establecimiento indígena habitado por los granjeros de Cascan, que eran étnico Chichimeca.
Huanusco proviene del náhuatl ahunochco que significa lugar de tunas con ahuates (espinas).
Fue asentamiento de los indios caxcanes en el año de 1542.
Este municipio formó parte del antiguo partido de Villanueva, la cual tenía varias cofradías, siendo Huanusco la tercera, dándole el título de la purísima el cual por el illmo Obispo Don Diego Camacho en 1709.
Posteriormente formó parte de la alcaldía de Juchipila y después de mecatabasco; hoy tabasco.
La fundación de este pueblo data de 1824 pero en 1857 al promulgarse la constitución general de la república, todavía figuraba como pueblo comprendido dentro del municipio de tabasco.
El 27 de septiembre de 1869 el Gobernador de Zacatecas, don Victoriano Zamora decreta el establecimiento de una nueva municipalidad, la de Huanusco, dependiente del partido de Villanueva.
En 1918 se le da a Huanusco la categoría de municipio libre, en congruencia con la constitución de 1917.
El 13 de octubre del año 1985, se adopta el Escudo de Armas del Municipio.