San José de la Isla estuvo poblado por aborígenes zacatecos. Al sur por los guachichiles, y los tlaxcaltecas llegaron en el año de 1591.
Se considera la fecha de su fundación según cédula real en los años de 1542, que formaban parte de los naturales del Poblado de Santh Joseph de la Isla, en jurisdicción de Zacatecas.
Posteriormente fue Congregación por los mineros y latifundistas de Zacatecas dándose el fundo legal el 25 de septiembre de 1725 ratificado en 1803.
En San José de la Isla se dio el juramento el día 22 de julio una vez terminado el movimiento independentista en el año de l821.
Durante la Guerra de Reforma un grupo de voluntarios de San José de la Isla participaron en combate contra los conservadores.
El día 26 de noviembre del año de 1859, en La Hacienda de la Concepción, Sombrerete, Zacatecas.
En la revolución mexicana se presentaron encuentros armados en San José de la Isla.
En la Cristiana también se presentaron enfrentamientos armados entre fuerzas federales eso se dio por el año de 1929.
Por Decreto 217 emitido por el H. Congreso del Estado el 31 de diciembre de 1957.
Se declara que a partir del primero de enero siguiente el municipio y cabecera municipal de San José de la Isla.
Llevará el nombre de Genaro Codina en honor al gran músico zacatecano, autor de “La Marcha de Zacatecas”.