Atolinga, palabra náhuatl que significa «lugar donde baja el agua», «lugar de juncias o espadañas» o «tular de agua».
Popularmente, el pregón de la gente dice que significa agua linda, debido a la abundancia de agua limpia y transparente de los diversos manantiales.
No se sabe con precisión quiénes fueron los primeros habitantes de la región y de lugares cercanos que le pertenecen. Los antepasados no dejaron vestigios de su paso por estas tierras.
Lo cierto es que Atolinga formó, durante las centurias posteriores a la conquista, un grupo étnico cerrado y celoso del mestizaje y dejó sentir su influencia aun en la política y dirección de Tlaltenango.
Fue hasta el año 1561 cuando la tierra que hoy ocupa Atolinga fue denunciada ante la Real Audiencia de Guadalajara por Francisco Sernosa.
Este fue el primer Ayuntamiento de Atolinga y se formó desde el año de 1814, en apego a las leyes emanadas de la primera Constitución de España.
Ya en el siglo XIX, Atolinga pertenecía al partido de Tlaltenango y tenía 729 habitantes y el valor de su propiedad alcanzaba la cifra de 85 mil 146 pesos.
En el año de 1896 se remodelo el municipio.
A finales de 1928, un grupo de cristeros saqueó los archivos de lo que era la presidencia municipal y quemó los documentos y evidencias importantes de los acontecimientos históricos de Atolinga y de sus alrededores.