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La mayor parte de la colección que actualmente se exhibe en el Museo de Ciencias de la Universidad Autónoma;a de Zacatecas la conforman los aparatos que constituían el Gabinete de Física integrado por José Árbol y Bonilla en la década de 1880.
Durante su vinculación a la casa de estudios, cuando se dio a la tarea de incrementar el acervo instrumental de estas dos disciplinas.
Así, durante el Gobierno del General Arechiga, se adquirieron los gabinetes de Física y Química y de Historia Natural.
Al correr del tiempo, debido a diversos cambios en el sistema de educación, la enseñanza de la física dejo de ser experimental.
Lo que tuvo como consecuencia el abandono de los aparatos que integraban el gabinete, los cuales se deterioraron por falta de uso y mantenimiento.
En el año de 1974, los integrantes de la Academia de Física de la Escuela Preparatoria, en coordinación con las autoridades del plantel, comenzaron el rescate del gabinete.
En 1981, la Dirección de Difusión Cultural, conjuntamente con la Escuela Preparatoria, presentaron el proyecto de integración del Museo, enmarcado en los festejos del 150 aniversario de la fundación de la Institución.
En noviembre de 1982, se realizo la primera exposición del gabinete en los patios de la Preparatoria número 1.
Finalmente, el 11 de octubre de 1983, el Museo de Ciencias fue abierto al público en el edificio que hasta octubre de 1997 ocupa: Miguel Auza 322, en el Centro Histórico.
A partir de 1995 se inicia una nueva etapa de restauración en la que se rediseño el mobiliario y la iluminación, así como el guion museográfico.
Y en un esfuerzo constante por mejorar los servicios que el Museo de Ciencias de la Universidad Autónoma de Zacatecas ofrecía a sus visitantes.
Se estrena a finales de 1997 nuevas instalaciones en el edificio que ahora alberga las oficinas de la rectoría, en Jardín Juárez 147.
Actualmente el esfuerzo del Museo Universitario de Ciencias se caracteriza como precursor de los centros de divulgación científica en Zacatecas.
El Museo realiza actividades de conservación, mantenimiento y exhibición de la colección del Gabinete de Física, como parte del Patrimonio Cultural Universitario.
Además impulsa la realización de actividades y formación de grupos de divulgación al interior del Estado.
Se encuentra abierto al público de lunes a domingo de las 10:00 a 18:00 y la estrada es gratuita.