Finalmente, el cuidado del templo está a cargo de la Cofradía de San Juan Bautista. Cabe mencionar que en el año de 1990 el papa Juan Pablo II visitó la ciudad de Zacatecas y oficio una misa solemne en las afueras de este templo, del cual quedo como recuerdo una imagen en forma de estatua del Papa y el altar en cantera donde oficio la ceremonia ante miles de feligreses.