La comunidad de Palmillas se formó a partir del paso del Camino Real, la inseguridad que los ataques de los indios de la zona generaba, obligó a instalar un presidio muy cerca de lo que hoy en día es la comunidad. Se encuentra al noroeste del municipio, 14 km aproximadamente de la cabecera.

Refieren los actuales habitantes de Palmillas, que el presidio estaba ubicado al sur del arroyo colorado que atraviesa la población, propuesta que es factible considerando que en planos fechados a inicios del siglo XVII, hace referencia al traslado de carros situando a Palmillas hacia el sur de Santa Ana, localidades que al paso del tiempo se fusionaron para conformar la población de Palmillas, ubicada al noreste de Ojocaliente.

La Iglesia de Palmillas es ahora parte fundamental de la identidad de la comunidad, con el paso del tiempo los espacios se reutilizan y se van acumulando elementos llenos de significado que dotan de sentido de pertenencia a las sociedades que en ellos se desarrollan.