El Colegio Apostólico de Nuestra Señora de Guadalupe en los límites de la ciudad de Zacatecas, fue sede de la obra arquitectónica de la Capilla de Nápoles. Fue al padre jalisciense Fray Diego de la Concepción Palomar, a quien se le ocurrió la idea de levantar una capilla a la advocación de la Inmaculada Concepción. En el año de 1845 se le encomendó al P. Fr. Juan Bautista Méndez.

El proyecto y la construcción de la capilla. “El 4 de septiembre del año de 1849 se empezó a roturar la tierra, para comenzar los cimientos. Por tanto la portada norte del templo principal sirve ahora para comunicar a la capilla” En el altar principal se sustituyó la grada de cantera por una de mármol, el nivel del piso del presbiterio se subió y se cubrió de mosaico de Talavera.

El donativo de hacendados, mineros y fieles, impulsó los trabajos, sin embargo para 1863 el padre Méndez fallece, la cúpula estaba prácticamente terminada y el tallado se encontraba hasta la arquitrabe. Fue así como se continuaron los trabajos de tallado y en la construcción del ciprés. Siendo para el 13 de junio de 1866 que se concluyó. A los 17 años de su terminación, comenzó a tener problemas al presentar filtraciones de agua en la cúpula y a debilitarse. En Octubre de 1883 se emprende una costosa reparación de la capilla, reconstruyendo la cúpula.

El resto del piso de la capilla que era de ladrillo fue sustituído por otro de madera: el ebanista Juan Romo diseñó y colocó en 1885 el nuevo piso de cedro fresno y mezquite decoración dominada por estrellas con un entrelazado geométrico. Al que se le ha adjudicado un código astronómico astrológico numerológico cronológico y religioso, sin embargo aún no se ha asegurado su significado.

El resto del piso de la capilla que era de ladrillo fue sustituído por otro de madera: el ebanista Juan Romo diseñó y colocó en 1885 el nuevo piso de cedro fresno y mezquite, decoración dominada por estrellas con un entrelazado geométrico. Al que se le ha adjudicado un código astronómico, astrológico, numerológico, cronológico y religioso, sin embargo aún no se ha asegurado su significado.

Un efecto de belleza extraño, al igual que la torre del reloj y la arquería del panteón; elementos islámicos, distintos al estilo arquitectónico de la fábrica conventual que es en su mayoría barroco y la capilla neoclásica.

En noviembre de 1885 se iniciaron los preparativos de la ceremonia de reapertura, y finalmente ésta se realizó el día 8 de diciembre del mismo año. Para 1937, se reconstruyó nuevamente la cúpula, Para 1948, se advirtió de una extraña plaga en el piso y se llevó a cabo una fumigación.