Fue fundado por fray Antonio Margil de Jesús el 12 de enero de 1707, en lo que fuera primero ermita de Nuestra Señora del Carmen, después Santuario de Nuestra Señora de Guadalupe de Zacatecas y hospicio para los padres misioneros de Querétaro.

A partir de entonces, el edificio fue convertido esporádicamente en cuartel, hasta 1862 cuando, por moción de la Legislatura del Estado, el Ejecutivo de la Unión cedió todo el conjunto, huerta y potrero al gobierno de Zacatecas, para que éste a su elección lo empleara en obras de beneficencia.

El 20 de enero de 1878 se declaró oficialmente hospicio de huérfanos, y en la parte norte, donde anteriormente había una escuela de niñas, fue establecido un asilo.

Es en el año de 1908 cuando los colegios de Propaganda Fide se cierran definitivamente. Ya en este siglo, en los años treinta, funcionó como escuela primaria; a partir de 1937 fue convertido en vecindad, y en la década de los cincuenta se instaló un establo.

Finalmente, y debido a las gestiones del fraile José Guadalupe Torres, la parte que ocupaba el asilo fue cedida a los padres de la Provincia de Jalisco, y en 1953 los franciscanos establecieron un noviciado.

En 1918 se declaró monumento histórico y fue abierto como museo. Con la creación del Instituto Nacional de Antropología e Historia pasa a depender de él, conservando los muebles, objetos y pintura de caballete que pertenecieron al Colegio.

Actualmente cuenta con más de 800 piezas de arte virreinal (heredadas de lo que fue el Colegio) y diversas pinturas provenientes de otros conventos e iglesias de la ciudad de Zacatecas. Este acervo es considerado uno de los más ricos de la Colonia, ya que cuenta con lienzos de los grandes maestros del arte novohispano, como son: Miguel Cabrera, José de Ibarra, Nicolás Rodríguez Juárez, Cristóbal de Villalpando, Juan Correa, José de Alcíbar, Luis Juárez, por mencionar sólo a los más conocidos.

Destacan también obras de Antonio de Torres, Juan Nepomuceno Herrera y José Gabriel de Ovalle, así como una serie de cuadros anónimos que nos dejó impresa la manera de vivir de los zacatecanos en el siglo XVIlI, al igual que la de los franciscanos moradores del Colegio.

Muy importante también es la biblioteca conventual.

Actualmente con más de 14 mil volúmenes que datan en su gran mayoría de los siglos XVIII y XIX.

Así mismo, un espacio sobresaliente por la originalidad de sus elementos decorativos y por su estado de conservación, es el coro con su sillería (36 altas y 24 bajas).

Todas de cedro tallado en sus espaldares, y dorados en sus trechos, en cuyo centro hay altorrelieves con alegorías de la letanía lauretana.

En medio de la sillería, al fondo, destaca una escultura de San Francisco de tamaño natural con goznes.

Arriba se encuentra una Guadalupana, y sobre las sillerías, en repisas, aún se conservan esculturas.

A partir de los setenta, por iniciativa de las autoridades del INAH, comienza a ser recuperado el edificio para incorporarlo a las áreas que ya existían como museo.

En esta primera etapa se rescata la parte correspondiente al hospicio y se inicia la recuperación de la planta alta, logrando incorporar el deambulatorio, las salas de Arte Virreinal, de Santas y de Antonio de Torres, rehabilitándose principalmente la Capilla de la Enfermería.

Entre 1989 y 1991 se inician trabajos de restauración, especialmente en la fachada correspondiente a lo que era el internado, quedando inconcluso en su mayor parte.

El Museo se encuentra asentado en un área de más de 11 000 m2, que incluye patios interiores y áreas exteriores como son el atrio y frente de la construcción que ocupó el hospicio.

A pesar de su corta vida como museo (76 años ) el inmueble presentaba problemas serios en su estructura arquitectónica; así mismo gran parte de la obra se encontraba dañada por el tiempo y el abandono que sufrió el Colegio.

Así, a partir de 1991 se inicia el proyecto de restauración integral, tanto del edificio como de la obra pictórica.

En este trabajo han estado participando arquitectos y restauradores deI INAH, y su labor no ha parado hasta la presente fecha.

Actualmente, el 95% del edificio ha sido recuperado, y se han logrado restaurar más de 1,000 m2 de óleo, concentrándose principalmente en los claustros de San Francisco y de la Pasión y la Escalera Regia.

Igualmente se ha restaurado una buena parte de la obra que se encuentra en las bodegas, tanto óleos como documentos.

A pesar de todos los trabajos de intervención realizados en el inmueble (que incluyen más de 3 000 m2 de techos, reposición de enjarres y pintura) se sigue respirando un ambiente conventual, ya que con las técnicas de restauración empleadas se conservó en mucho el espíritu del edificio.

Tan es así, que la comunidad de Guadalupe sigue nombrándolo como el viejo convento que ocupaban los franciscanos.

Paralelamente, se editó una Guía del Museo, fue abierta al público una librería, se habilitó el expendio de boletos y se puso al servicio de los visitantes unos casilleros.

Además, en coedición con la iniciativa privada, se hizo un libro sobre este inmueble, lo que ha permitido una amplia difusión del ex Colegio, hoy Museo de Guadalupe.

El rescate del edificio y su funcionamiento al 100% ha generado mayor afluencia de visitantes, y la calidad de los servicios que se prestan ha permitido que de 1992 a la fecha se haya duplicado su número.

La recuperación de un edificio de esta magnitud (tanto de sus elementos arquitectónicos como por el incalculable valor de la obra pictórica que alberga) corrobora el espíritu de trabajo que se encuentra en instituciones gubernamentales como el Instituto Nacional de Antropología e Historia, fundamentalmente, y reafirma la función de todo museo que se precie de serlo: hacer conscientes a la comunidad y visitantes de la riqueza e importancia de nuestro patrimonio cultural