El 13 de noviembre de 1927 hubo un atentado dinamitero contra el reelecto general Obregón, del que también acusaron de complicidad al padre Pro y a sus hermanos, fueron aprehendidos y encarcelados el 18 del mismo mes, para el 23 de noviembre de 1927, a las diez de la mañana fue fusilado, los restos del Beato Miguel Agustín Pro se veneran en el templo de la Sagrada Familia, en la colonia Roma de la Ciudad de México, en la esquina de Orizaba y Puebla.