La flora es rica y variada, dependiendo del medio-geográfico, en la parte baja, propiamente del cañón hay una gran abundancia de mezquite, huizache, guamúchil, sabino, sauz, además de frutales. En la sierra hay coníferas, roble, encino, tepehuaje, tepame, ozote, copal, ocotillo, mimbre, pitahayo, órgano, nopal, magueyes, viznagas, etc

En las faldas y altos de la sierra se encuentran reptiles como; lagartijas, iguanas, serpientes de cascabel, coralillo, sorcuate y culebra. Aves como el gorrión, gallineta, ganso, grulla gris, jilguero, guacamayo, gavilán, aguililla, zopilote, tecolote y lechuza. Hay especies de palomas como la paloma pinta de collar, la guilota, la codorniz. A lo largo del río y en las presas se encuentran bandadas de patos, gansos y garza criolla.